Der Film beschäftigt sich mit dem Überleben der Landwirtschaft. Es ist die Zeit der explosiven Liberalisierung des weltweiten Handels.

»Bauernkrieg« ist der zweite Film einer Bauern-Trilogie, die sich mit der Existenz des Bauern am Ende des 20. Jahrhunderts auseinandersetzt (zusammen mit Sennen-Ballade und Hirtenreise ins dritte Jahrtausend).Im Zentrum stehen die Fragen nach Identität, Überleben und Zukunft. Jedes dieser drei Themen bildet jeweils den Schwerpunkt eines einzelnen Films.

"Bauernkrieg" beschäftigt sich mit dem Überleben der Landwirtschaft am Übergang von einer staatlich gelenkten Planwirtschaft zur Marktwirtschaft. Die meisten Bauern setzen auf den technischen Fortschritt und die Hochleistungszucht, um in dieser neuen Marktsituation zu überleben. Viele können nicht mithalten und geben auf.