Erster Aufzug

Der junge Prinz Tamino wird von der Königin der Nacht ausgesandt, um ihre Tochter Pamina zu retten, die vom Fürsten Sarastro entführt wurde. Der Vogelfänger Papageno wird Tamino zur Seite gestellt. Tamino erhält eine Zauberflöte, Papageno ein magisches Glockenspiel, beides von den bis jetzt noch freundlichen Drei Damen der Königin der Nacht. Sie brechen auf, um Pamina zu befreien. Papageno findet Pamina in Sarastros Reich und berichtet ihr, dass der verliebte Tamino zu ihrer Rettung aufgebrochen ist. Sie wollen fliehen, um Tamino entgegenzueilen, treffen dabei jedoch auf Sarastros Oberaufseher Monostatos, dem sie mit Hilfe des Glockenspiels entkommen. Derweil erreicht Tamino Sarastros Weisheitstempel, wo er erfährt, dass Sarastro nur gute Absichten verfolgt, was ihm nicht so ohne weiteres einleuchtet ("so ist denn alles Heuchelei"). Tamino gerät in die Hände von Monostatos, der ihn als Gefangenen zu Sarastro bringt. Monostatos wird von Sarastro bestraft, Tamino und Papageno werden in den Prüfungstempel geführt und von Pamina getrennt.

Zweiter Aufzug

Sarastro wünscht, dass Tamino als Priester des Weisheitstempels geweiht wird, und erklärt, dass er, Sarastro, Pamina entführt habe, um sie vor der in seinen Augen bösen Königin der Nacht zu bewahren, die auch den Tempel zerstören wolle. Tamino und Pamina seien füreinander bestimmt, und auch für Papageno gebe es eine Papagena. Sie müssten zuvor jedoch drei Prüfungen bestehen. Tamino und der zaghafte Papageno unterziehen sich den Prüfungen, Papageno versagt jedoch schon zu Beginn und darf Tamino nicht weiter begleiten. Pamina darf dagegen weiter ihrem Tamino folgen; mit Hilfe der Zauberflöte bestehen sie die letzten beiden Prüfungen. Der verzweifelte Papageno wird durch sein magisches Glockenspiel mit Papagena vereint. Die Königin der Nacht versucht einen Überfall auf den Tempel, wird dabei jedoch mit Monostatos und ihren anderen Verbündeten vernichtet. Tamino und Pamina werden schliesslich durch Sarastro gemeinsam in den Kreis der Eingeweihten aufgenommen.